Angewandte Bioinformatik

1 Computer, Betriebssysteme und Internet.- 1.1 Computer und Betriebssysteme.- 1.2 Internet und WWW.- 1.3 Die physikalische Anbindung an das Internet.- 1.4 Die logische Anbindung an das Internet.- 1.5 Internet-Services.- 1.5.1 Email.- 1.5.2 News.- 1.5.3 FTP.- 1.5.4 WorldWide Web.- 1.6 Die Benutzung von Unix.- 1.7 Übungen.- 1.8 WWW-Verweise.- 1.9 Literatur.- 2 Die biologischen Grundlagen der Bioinformatik.- 2.1 Nukleinsäuren und Proteine.- 2.2 Aufbau der Nukleinsäuren DNA und RNA.- 2.3 Die Speicherung der genetischen Information.- 2.4 Aufbau der Proteine.- 2.4.1 Primärstruktur.- 2.4.2 Sekundärstruktur.- 2.4.3 Tertiär- und Quartärstruktur.- 2.5 Übunge.- 2.6 WWW-Verweise.- 2.7 Literatur.- 3 Biologische Datenbanken.- 3.1 Biologisches Wissen wird in globalen Datenbanken gespeichert.- 3.2 Primäre Datenbanken.- 3.2.1 Nukleotid-Sequenzdatenbanken.- 3.2.2 Protein-Sequenzdatenbank.- 3.3 Sekundäre Datenbanken.- 3.3.1 PROSITE.- 3.3.2 PRINTS.- 3.3.3 Pfam.- 3.3.4 Interpro.- 3.3.5 SCOP.- 3.3.6 CATH.- 3.4 Übunge.- 3.5 WWW-Verweise.- 3.6 Literatur.- 4 Sequenzvergleiche und sequenzbasierte Datenbanksuchen.- 4.1 Paarweise und multiple Sequenzvergleiche.- 4.2 Datenbanksuchen mit Nukleotidund Proteinsequenzen.- 4.2.1 Wichtige Algorithmen zur Datenbanksuche.- 4.3 Software zur Sequenzanalyse.- 4.4 Obunge.- 4.5 WWW-Verweise.- 4.6 Literatur.- 5 Die Entschlüsselung eukaryotischer Genome.- 5.1 Die Sequenzierung kompletter Genom.- 5.1.1 Die Charakterisierung von Genomen mit STS- und EST-Sequenzen.- 5.1.2 Genetische Ursachen fur individuelle Unterschiede.- 5.2 Übungen.- 5.3 WWW-Verweise.- 5.4 Literatur.- 6 Proteinstrukturen und Structure-Based-Rational-Drug-Design.- 6.1 Proteinaufba.- 6.2 Signalpeptide.- 6.3 Transmembranproteine.- 6.4 Proteinstrukturanalyse.- 6.4.1 Proteinmodellierung.- 6.4.2 Die Bestimmung von Proteinstrukturen im Hochdurchsatzverfahren.- 6.5 Structure-Based-Rational-Drug-Design.- 6.5.1 Ein Beispiel fur Docking.- 6.5.2 Erfolge des Structure-Based-Rational-Drug-Designs.- 6.6 Übunge.- 6.7 WWW-Verweise.- 6.8 Literatur.- 7 Die funktionelle Analyse von Genomen.- 7.1 Die Identifizierung der zellularen Funktionen von Genprodukten.- 7.1.1 DNA-Microarrays.- 7.1.2 Serial Analysis of Gene Expression.- 7.1.3 Proteomics.- 7.2 Übungen.- 7.3 WWW-Verweise.- 7.4 Literatur.- 8 Vergleichende Genomanalysen.- 8.1 Das Zeitalter der Genomsequenzierung.- 8.2 Wirkstoffforschung am Zielprotein.- 8.3 Vergleichende Genomanalysen geben Aufschluss über die Biologie von Organismen.- 8.3.1 Die Genomstruktur.- 8.3.2 Kodierende Regionen.- 8.3.3 Nicht-kodierende Regionen.- 8.4 Vergleichende Stoffwechselanalysen.- 8.4.1 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.- 8.5 Gruppen orthologer Proteine.- 8.6 Übungen.- 8.7 WWW-Verweise.- 8.8 Literatur.- Lösungen zu den Übungen.